农村合作金融机构主要包括农村信用合作社、农村合作银行和农村商业银行等 。其起源可追溯至20世纪初的信用合作运动，1951年中国人民银行召开第一次全国农村金融工作会议，提出重点试办农村信用合作社组织 。截至2024年12月末，我国共有农村商业银行1563家、农村合作银行23家、农村信用社458家，三类机构法人数量占全国银行业金融机构法人的47.59% 。
2003年，国务院印发《深化农村信用社改革试点方案》，开启了新一轮改革试点 。农村合作金融机构改革重组步伐加快，通过“一省一策”改革、吸收合并等方式推进机构整合，数量呈下降趋势 。2025年中央一号文件提出“一省一策”加快农村信用社改革，稳妥有序推进村镇银行改革重组。2025年全年，村镇银行退出数量达310家 。截至2026年6月初，年内已完成注销的村镇银行已达97家，农村信用社体系亦有38家退出，两类机构合计退出数量已超过130家 。省联社改革按照“一省一策”原则推进，主要形成省级联合银行、统一法人以及“省级联合银行+市级统一法人”三种模式。2024年至2026年，广西、山西、贵州等省联社改革取得新进展 。改革旨在化解风险、优化系统，但其服务“三农”和小微企业的市场定位保持不变 。2026年，财政部等三部门发文将农村合作金融机构纳入中小微企业贷款贴息等政策的经办机构范围 。
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