6月18日更新：
官方推特已经宣布第三季2018年放送！
敬请期待！
—————原答案————
先说结论：会有
1.WIT官方解释与动画预计进度推测
WIT官方推特解释说第二季只有12集是因为人手不足：
潜台词是不想因为人手不足而降低对质量的要求。
也许到第三季的时候会好些？
现在漫画已经连载到93话。
第二季会做到漫画第50话也就是艾伦夺还战结束。
第三季如果是25集的话能够做到漫画第90话，包括王政篇和玛丽亚之壁夺还战：
王政篇比起之前的章节文戏要多一些，玛丽亚之壁夺还战则是又一个剧情高潮，这样一张一弛也很有看点。
第四季25集就可以把剩下的30-40话做完了。
2.进巨对讲谈社的商业价值
进击的巨人责编川窪慎太郎最近接受媒体访谈说完结篇会比预计的要长。由此可见讲谈社也有必要继续通过动画拉动漫画销量。
根据日本漫画的运作机制，出版社是最大的获益方，营销也由出版社负责，作者本人根据与出版社签订的合同所规定的提成比例获取版税收入。
进击的巨人这样难得一遇的大IP讲谈社方面会充分挖掘其商业价值。
集英社旗下的周刊少年Jump上连载的火影忍者完结后不又开始连载子世代的故事博人传了么？博人传的剧场版和TV版动画也已经上映。
火影忍者连载了15年漫画总销量是1亿4千万（不知道是否包含海外市场）。
而进巨不到8年本土漫画销量就超过6600万册，为日本漫画史上达成卷均300万成就的5部漫画之一：
另外四部是海贼王，灌篮高手，棒球英豪和龙珠，其中只有海贼王还在连载。而且其他四部是周刊连载，进击的巨人是月刊。
进击的巨人在海外市场也很有人气。前传小说，衍生漫画，游戏改编，真人电影，动画发行等衍生品也给讲谈社和作者（版权方）带来收益。
由此可见进巨这个IP对讲谈社的价值。
进击的巨人本篇漫画本土销量目前看来达到8000万有难度，但也不是没有可能，全看讲谈社如何操盘。进击的巨人的衍生漫画如巨人中学销量远远不如本篇，对讲谈社而言还是把资源用来拉动本篇销量比较合理。
第二季动画开播不到两月，进击的巨人漫画累计销量就超过6600万，动画对漫画销量的带动还是很明显的。
Videomarket上的视频点播数进击的巨人第二季是No.1:这说明它的热度根本没有消退。
根据SLF的数据统计，进击的巨人第二季是同期播出的动画中录像次数最多的。截止今天，进击的巨人第二季录像数已经实现了6连冠。
只看BD预售销量得出的结论是不准确的：因为BD比漫画单行本和在视频网站观看的花费高太多。
而且目前网上一般是基于在Amazon这一渠道预定的BD数量来对BD销量进行比较和预测。这样得出的结论显然有失偏颇。因为根据常识都可以推断Amazon并非日本观众购买BD的唯一渠道。
至于进巨在大陆被封禁讲谈社损失的只不过是来自视频网站的版权收入吧。由于种种原因，大陆的进巨粉丝很少通过正版渠道来获取资源，相应地也无法向版权方和制作方贡献收入。
3.购买正版BD支持WIT
希望有高质量第三季动画看的同好还是要多多支持正版BD，因为这是动画制作公司的最主要收入来源。一部动画的主要收益都被版权方和制作委员会拿走，动画制作公司的收益甚至不够雇佣足够的人手来制作动画。
WIT STUDIO自己的原创动画项目甲铁城的卡巴内瑞虽然BD销量不甚理想但从长远来看能给WIT带来更多的收益也不一定：毕竟不用和版权方分成。
WIT这种新成立的动画制作公司要生存下来很不容易。巨人是他们手里最大的一个IP，除非有更多更好的IP可以带来收益，他们的选择并不多。至少目前为止巨人仍然是WIT最赚钱的IP。业内目前也只有庵野痞子的KHARA因为手握EVA这个大IP从筹资，制作，出品都能够独立运营。甲铁城这一WIT寄予厚望的IP目前看来并不能取代巨人，虽然甲铁城的企划比巨人还要早，WIT社为其配备的staff阵容也不可谓不豪华。
作为巨人的漫画和动画粉丝，衷心希望WIT和二创未来都能有更多更好的作品而不是在这个业界如昙花一现。
总结一下，对于讲谈社和WIT，进击的巨人都是无可取代的大IP。
就算Jump这样的漫画杂志也暂时推不出能够取代老牌台柱海贼王的IP，何况讲谈社和WIT乎？从各种意义上说进巨都是个奇迹。
目前网络上不少同好以为WIT才是是否出第三季动画的决定者，从上续的分析可以看出，讲谈社才是真正做决定的那一方。而无论从哪个角度看讲谈社都不会放弃这样一个可以持续带来收益的大IP。
WIT的官推里透露出两点信息：
人手不足与制作方所获收益太少。
这两点都需要讲谈社让利。
而进击的巨人第二季的制作质量有目共睹，说明WIT也很珍惜这个让自己一炮而红的IP。
这种商业利益上的协调与谈判需要时间，但只要双方还有合作的基础，这种合作就不会破裂。当然，如果WIT和讲谈社都能在短期内找到替代巨人的赢利点，这篇分析的立足点也就不存在了。但这种可能性非常小。WIT的打算无非是找到更挣钱的IP来在业界发展下去，当然如果能在与讲谈社这样的大出版社谈判时增加筹码就更好了：比起集英社，讲谈社规模更大，对漫画收入的依赖更小，相应的对制作方的话语权更大。
4.漫画完结了就不会出动画了？
诸君还记得大明湖畔的钢炼么？
万年天坑小蝌蚪找爸爸or不猎人动画都能出重制版哪。
还有夏目友人帐这样漫画销量远远不能和进击的巨人相提并论的IP动画都出到第六季了。
虫师这样的小众高冷青漫照样出第二季。因为在业界评价极高，又有一批购买力很强的核心粉丝支持。
P.S.
1）忽然发现进击的巨人已经连载8年了。8年就有2部高质量的动画看感觉很幸福。
2）WIT的推特上有他家的在线商城地址：
http://www.witstudio-onlineshop.net/
第二季BD约2400元吧。
3）WIT还是鬼灯的冷彻的制作公司，真是意外之喜。
4）印象里Jump历史上印刷数过亿的漫画也不过5部而已。
