这个游戏以现在的话说，可以说是政治非常不正确。
因为1、2、4代其实都是有一定浪漫主义化的虚构情节，3代则是完全基于史实，从1480年葡萄牙人发现好望角前夕作为游戏开始的时间设定，止于1521年的环球航行左右（游戏中只要完成了环球航行，就算爆机，但是还可以接着继续玩）。
当然这个游戏的内容远远不止探索历史上的新航路。侵略扩张、血腥征服、不道德贸易这些历史上的大航海时代的标志性元素，也都做进来了。
这也是为什么这个游戏玩家只能选西班牙、葡萄牙主角，其它国籍一概不能选择的原因。因为1494年的
瓜分了地球，西班牙人的目标是向西半球扩张，而葡萄牙人的目标是向整个东半球扩张。这个时代绝大多数的探险、扩张和征服也都是由率先发展远洋航行的伊比利亚双雄包办的，扮演其它国家的人做相同的事，就多少显得与时代背景格格不入。
于是，这些个元素也导致了此游戏一些政治不太正确的部分，连大陆的审批都看不下去了：
1. 首先，这个游戏允许贩卖黑奴，这个仅限于日文原版，中文版未通过审批，因此删掉了
2. 这个游戏在欧洲之外的国家探索，经常会碰到港口或城市被卫兵拦住不允许入内的情况，这种情况下可以说服、可以收买、也可以武力攻打。如果选择攻打，就会进入陆战战斗界面，如果打赢了就会为西班牙或葡萄牙开疆扩土。
所以扮演西班牙主角的玩家，可以和历史一样，攻陷阿兹特克、印加帝国，摧毁美洲土著文明。就连科尔特兹（历史上的西班牙殖民者，征服阿兹特克帝国）通过找了一个土著情妇玛里娜、利用她的翻译沟通，联合被阿兹特克奴役的其它部落，以少胜多击溃阿兹特克军队，这样的历史细节，都有所描写。
说到这各位可能已经想到了，当玩家（当然一般是葡萄牙人）行至中国的时候，在原版中也会被明朝卫兵禁止入内，然后就可以攻打明朝城市。中文版估计是看不惯这个，把这个设定也改了，改为明朝城市对外开放，外舰可以自由入内，当然也就不会被攻打了。
其实，光荣的古代汉人粉属性，在这一代还是体现得挺强的，在游戏中，北京是全世界唯一规模为满格的城市，因此兵力极强，是唯一一个不作弊不修改，几乎不可能打得下来的城市。不过这点看来还是没有打动大陆的审批。
因为上面所说的缘故，《大航海时代3》在引进国内的时候碰到了不小的麻烦，经过了多年的反复，并且做出了上述重大修改之后，才得以在国内上市，而此时4代都出来了。而4代又在国内一度非常火爆（毕竟有明朝女主角），自然对国内的玩家群造成了很大影响。
而光荣公司显然干脆决定不让3代在欧美上市，以避开不必要的麻烦，尽管1代和2代都曾翻译成了英文版，并在欧美市场取得了一定的成功。这样，大3的核心玩家群就不可避免的仅限于日本国内了。
