第三次世界大战之后，学园都市内部过上了一段平和的日子。暗部在一方通行的促使下解散，滨面得到了“素养判定”这样的免死金牌。只是没有那名掉进北冰洋里少年的身影。
好景不长，名为“新入生”的黑暗重启，以芙蕾米娅为目标，决定为和平带来灾厄。与此同时，那名少年带着满身的酒气回了学园都市。三英雄合力击破“新入生”，却面临更严峻的挑战——格雷姆林（捣蛋鬼）。
格雷姆林（表）是由三战后不承认魔法侧失败的人组成的团体，魔神奥帝努斯为首领，想要打败科学侧的势力。他们以完成主神之枪为目的开始一系列行动。夏威夷危机、巴格吉城。上条面对各种敌人，甚至被奥帝努斯撕裂了右手，还被轻而易举地碾碎了右手里的东西。
接着却又和雷神托尔联手了，为了拯救名为芙洛伊特奈的“人类”。直接也好间接也好，各种各样的理念相互碰撞，为各方面带来了成长。
另一方面，学园都市内部仍存在着什么东西。“人的计划”（人力资源计划），将存在于都市各处的AIM力场看做浓淡不同的介质，利用浓度计算机的原理建立AIM思考体实现永恒。人与人之间相互猜忌，最终以药味久子的死和土御门元春的“死”拉下帷幕。
主神之枪的建造终于进入了最终阶段。世界联军被船之墓场的消息所戏耍，错失最佳时机。伴随排球的一声“小的明白了”，枪完成了。
世界消失了。
接下来是为了摧毁名为上条当麻的人类而创造的故事，同时也是为了拯救名为奥帝努斯的少女而创造的故事。三千多亿次的循环，少年和少女成为对方的理解者。少女为了他放弃力量，少年为了她对抗世界。
“不要逃，奥帝努斯！”
“听到那句话的时候，我就已经得到救赎了。”
魔禁如果出四可能也就做到这里了
但是……
