区别很大，主要是在自我性别认知上。
首先，Transgender是一个非常广泛的定义，既包括男性，也包括女性；既包括已变性者，也包括未变性者。一般会简称为F2M/FTM（female to male）或者M2F/MTF（male to female）。最广为人知的Transgender应该是金星，她是一名M2F。
那么回到问题中，Transgender（以下回答仅指生理性别为女性的Transgender，不包括男性）的生理性别是女性，而心理性别是男性，他们就像是灵魂被错误地放进了不属于自己的身体，明明有一颗男人心，却不得不“忍耐”女性的身体。有条件的Transgender会选择变性手术，大多数Transgender因为种种因素不会选择变性。按照严谨的性别分类来看，“她们”其实是“他们”。在目前的性别平权运动中，也会建议对“她们”称呼为“他们”，以及用“先生”代替“女士”来称呼他们。
而女同性恋（lesbian）其实是不需要分类的，但由于目前的异性恋大环境，会有一个TPH的分类，T是指Tomboy，偏男性的一方，P是指Prettygirl（另有说源自台湾“婆”），偏女性的一方。H则是Half，一半一半。关键在于，即便是Tomboy，她们的自我认知也是女性，即以女性的身份去爱另一个女性。
然而实际上在les中并非所有人都分TP，在女同性恋圈中，女性特质明显的一对儿在一起，普通人是根本认不出来的。那么对于lesbian中的T而言，她们可能仅仅只是喜欢穿男装，喜欢打扮得干练简单中性，但她们的自我认同是女性，接受并认可自己的女性身份的。
——引自我自己的回答：
所以一句话回答问题就是：LGBT里的T和Lesbian里的T他们的区别在于心理性别不一样。
——————————私货吐槽区——————————
李银河和Transgender谈恋爱，李银河当然是异性恋。退一万步说，就算李银河是同性恋，她为推动同性恋婚姻合法化所做的一切也非常值得尊敬，外人没什么资格因为她是同性恋还是异性恋喷她为推动同性恋婚姻合法化所付出的努力。
最后我还想说，Transgender真的是一个非常大而模糊的分类，在Transgender的下面还可以分出很多子分类，而Transgender这个群体则比同性恋的地位更尴尬。我非常希望未来性别可以真正平权，尊重每一种性别及性别的选择。
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