日语的来源，暂时没有定论，还存在一定的争议。但是基本可以确定大概的来源，是渡来人的语言，和早期绳文土著的语言没有关系。
日本人的二重构造，绳文和弥生，这都是很久以前的分类，现在基本不用这种说法了，而用渡来人来代替弥生。这个渡来人也是分几个阶段的。现在有争议大概的焦点就是日语究竟来源于哪波渡来人。
现在比较流行的说法，也就是齐藤老师这本书中的关于日本语起源的观点，日语的源头，很大可能是4000年前到3000年前，第二阶段进入日本的族群用的语言，这个族群就是中国黄海，环渤海，朝鲜半岛沿岸的 海之民。
第二阶段(捕鱼，园耕民)(约4400年前-3000年前)
绳文时代后期，第二批渡来人群流入。虽然这与绳文人和dna有很大的差异，但与后述的第三批渡来民也有所不同。斋藤认为，这个集团是居住在中国黄海沿岸的“海之民”，并以捕鱼为主要的狩猎采集者或狩猎采集和农耕为一体的园耕民。第二批渡来集团在日本列岛中心地区和第一批的绳文人混血。
按父系来说的话，这群人，可能是有O1b2-P49的某些支系,加上 C1a1-M8的某些支系组成。
和现代日语最接近的就是琉球语，琉球地区有个特点，就是南琉球是全世界O1b2-P49（旧O2b)比例最高的地区，大概67%,就是随机抓100个本地男人，有67个人的父系都是P49，琉球也是C1a1分布比较高的地区，也就是说大概67个人是P49，还有大概7，8个琉球本地人是C1a1-M8.
也就是说现在的琉球，冲绳群岛的族群，已经被南下的族群所覆盖，旧石器时代或者5000年以前的冲绳底层的族群，基本已经不复存在，至少父系已经大规模改变，语言也变了，当然线粒体和常染还有一些残留。
