中国科学院院士，是中华人民共和国设立的科学技术方面的最高学术称号，为终身荣誉。
中国工程院院士，是中华人民共和国设立的工程技术方面的最高学术称号，为终身荣誉。
二者的含金量、地位完全等同。二者的区别主要在于专业领域的不同，中国科学院设有数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部和技术科学部六个学部，中国工程院设有机械与运载工程学部、信息与电子工程学部、化工、冶金与材料工程学部、能源与矿业工程学部、土木、水利与建筑工程学部、环境与轻纺工程学部、农业学部、医药卫生学部、工程管理学部九个学部。
不过由于院士增选考虑的因素较为综合，难免会有一些争议，特别是在几个学者的差距并不是很明显的情况下，那可能就会受到其他因素的影响。既然是由人来评选，存在一些问题也是正常的，此处就不展开来说了。就目前而言，在没有更好的机制的情况下，这就是值得肯定的办法，而且也确实利远远大于弊。
中国工程院院士的争议相对更多：1.工程院有一个工程管理学部，工程管理不是纯粹的理工科，是管理科学和工程的交叉学科，评价体系不像理工科那样相对客观明确，从学术科研角度而言，工程管理方向的院士含金量相对是偏弱的；2.工程院院士中有不少老总院士，相比于两院院士中绝大多数拥有极高学术水平的国之重士而言，有些老总院士的当选，实在难以服众，其名下一些成果的含金量和真实性令人怀疑，其真实学术水平令人质疑，特别是有个别院士长期从事行政工作，十几、二十年的工作经历和科研关系并不是很大，个别科研院所的领导也存在这样的情况。
此外，院士的学术不端问题也饱受争议，这是一个需要值得重视的问题，特别是有些学科这一问题出现的有点多，但在处理上面还是有些大事化小、小事化了，其实有些院士学术水平很高，在国际上也很有名，但有时候可能存有侥幸或者态度上不端正，也可能为了名和利，结果给自己惹了不少争议。
客观而言，即使两院院士中可能存在个别名不符实、学术不端的情况，但总体上整个院士群体学术水平是很高的，也基本能够代表中国科学技术和工程技术的最高学术水平。几十年来，中国的两院院士为我国科学技术发展作出了巨大贡献，很多优秀的院士值得我们永远铭记。
坊间传言两院院士享受副部级待遇，这其实是一种误传，中央从未发文明确院士享受副部级待遇，因此理论上，院士享受不了副部级干部的政治待遇（浏览内部文件的权限）、生活待遇（住房标准、专车接送）、医疗待遇（蓝色医疗证）。不过一些省份出于对院士的尊重，给予院士等同于副省级的医疗待遇，甚至生活待遇。但这并非是国家层面的政策，而是地方自行制定的。总体而言，各地地方政府和有关单位对院士在各方面都是比较关照的，普通民众对院士也是比较崇敬的。
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p.s. 鉴于经常有知友就“院士是否享受副部级待遇”这一问题与我交流，本人用一些公开报道来阐述一下这一问题。
1.（政协委员：在京中科院院士享受副部级医疗待遇-搜狐新闻 (sohu.com)）
“辟谣”：副部级待遇纯属误解、误会和误传
“你查遍国务院的所有文件，没有说中国科学院和中国工程院院士是副部长级待遇这样一条”
“前段日子，我看到有的报刊上提到，中科院、工程院院士是副部级干部，或者副部级待遇。这件事情，纯属是误解、误会和误传。”张玉台提到的院士“享受副部级待遇”的传闻，一直是个疑问。正在召开的全国政协十二届一次会议上，农工党中央委员会以党派提案形式，向大会提交《关于我国院士制度改革的建议》，其中提到“院士被赋予了过多的行政化、权威化色彩，其拥有的权利和发挥的作用已经远远超出科学界”，因此建议我国启动院士选举和管理制度的改革，让院士“去官员化”。一时间，各方观点相互碰撞、对弈。3月7日，在本报刊发的报道中，全国政协委员、中科院院士欧阳钟灿对传言进行回应。
曾担任中国科学院副秘书长兼中国科学院学部联合办公室主任的张玉台，当着中共二组全体委员和记者们的面，援引往事，力证院士“享受副部级待遇”是误传。
“我看见一张报纸上，登了一个党派中央的提案提到，要改革院士制度，使院士‘去官员化’。你查遍国务院的所有文件，没有说中国科学院和中国工程院院士是副部长级待遇这样一条。”张玉台环视在座各位，语气坚定，此时，闪光灯开始聚焦在他的身上。
回忆：因为院士看病难 所以给了医疗待遇
“如果（外地的）哪位院士生了病，省委书记都会非常重视，所以外地不存在这个问题，仅限于在京的”
“当然这也并非是空穴来风。”张玉台解释了院士“享受副部级待遇”传闻的始末。
在上世纪90年代初期，中国科学院有一位院士叫侯学煜，他是一位著名的植物学家，“他一生做了许多贡献，在（上世纪）80年代中期，就提出了‘大粮食’的观点，使我们开阔了眼界，在解决中国人的吃饭问题上，应该说加快了速度。”张玉台语调低沉，“但是，他70多岁那时候，生病去医院，基本上是住在楼道里，住不进病房去。”
在当时，侯学煜还担任全国政协常委。张玉台介绍，在侯学煜病重的时刻，他陪着当时的全国政协副主席钱正英一同去看望，看到侯学煜住在两个人一间的病房里。“出来以后钱正英就跟我讲，‘我明白了，为什么侯先生住不进医院，也住不到一个人的病房，他的床头上，挂着副司局级。"张玉台向在座委员解释，因为侯学煜当过中科院植物所的副所长，科学院的研究所是正司局级单位，他是副所长，所以就是副司局级。“当时看病难，不仅仅是对普通老百姓来讲，而且对这些科学院的院士们来讲，也是一大问题。所以，后来钱正英就跟当时的总理李鹏汇报，然后国务院召开了一个会议，我做的汇报。”
那次会议之后，确定了在京的中科院院士享受副部长级医疗待遇
“外地的不算。”张玉台补充说，“在当时，像河北、河南、广西这些地方，连一位中科院院士都没有，如果（外地的）哪位院士生了病，省委书记都会非常重视，所以外地不存在这个问题，仅限于在京的。”在场的几位曾担任过省委书记的委员都点着头。
“参加会议的卫生部负责同志讲，所谓副部长级医疗待遇，主要是两条：第一条，就是当他生病需要住院的时候，保证能住上医院；第二是他住的病房，不能保证是一人间，可能住两人间，也可能住四人间，甚至是八人间。”张玉台的表情很严肃，“这就是当时北京所谓的副部长医疗待遇。”
回应：以前院士选举 当选后自己才知道
“那个时候，哪个地方请院士做个报告，临走送他上车的时候，塞给他个信封，他一看是钱，马上跟你翻脸”。
张玉台接着又举了一个例子，曾经有一位国家科委的副主任，生病以后住不进医院去，恰好他曾经的秘书是北京一家知名医院的护士长，这样才能住院。
讲完这两件事，张玉台看了看大家，顿了两秒，继续认真地往下说，“不管什么事情，千万不能先竖一个靶子，然后再去打这个靶。院士当中，仔细数一数，不管是工程院还是科学院，真正担任领导干部的并不多。当上的那些，也都是按照党政干部任免条例严格选拔出来的，绝对没有副部长待遇这件事情。我们在调查研究的时候，一定要实事求是地把真相弄清楚。”
接着，他又就院士选举问题进行回应。“大家对院士的选举等有一些意见，社会上的不正之风也影响到了院士这样一个群体。1991年、1993年这两次院士选举，院士当选时自己根本不知道，只有当选以后国务院批准、报上公布之后，自己才知道。那个时候，哪个地方请院士做个报告，临走送他上车的时候，塞给他个信封，他一看是钱，马上跟你翻脸，他不认为你是对他的尊重，这是对他的侮辱。下次再请他，没门儿了。”
“我借这个机会说说这件事情。”他再一次强调，“我们有的时候进行调查研究，还是要掌握真实的情况，才能够有正确的判断、分析与结论。”
至此，关于院士问题的回应结束，张玉台又重新谈起了关于如何更好地建言献策、参政议政的话题。
2.（中科院院士否认享受副部级待遇(图)-搜狐新闻 (sohu.com)）
行政色彩过多？院士回应“不是干部，没有官职”
地方给院士一些待遇但在北京从来没有
有着多年院士经历的欧阳钟灿认为，外界对院士的一些评价有误解。
“我们从来没有像外界传言那样有副部级待遇。”欧阳钟灿说，“我当了八年中国科学院理论物理所所长，我们所一直只有一辆车。我就规定，谁用车就按照年龄。有位老院士何祚庥80多岁了，他也没办法用车，自己掏了18万买了一辆车，秘书开着。”
他认为：“院士不是干部，没有官职，有人说副部级，哪有这样的事。是地方给的一些待遇，奖金，但是在北京，我们也没享受到这个待遇。我都骑自行车上班啊，像我们单位手里就一辆车，只是政协会报到当天用了一次，平时都不敢用。我1997年当院士，1998年当所长，我知道这个问题。比我大的有很多，这些院士谁要用车看病，年龄大的用。我很少用车。”
为什么大家对院士的看法出现“差别”呢？
“有些地方没院士，一些高校评‘985’啊、‘211’啊，所以他们包装这些院士，造成不好的影响。”欧阳钟灿说。另外，个别地方政府、企业到处挖院士，来一个院士给几套房、给多少钱，这不能怪院士。“我老家在福建省，那边经常有人邀我回去。他们对院士给车给房，但不能怪院士，怪那些单位。”欧阳钟灿说。
他还介绍，院士的工资没什么差别。“我当所长的时候，院士的工资都一样，没有高的，比一般机关每人多1000块钱。”欧阳钟灿说，一定要有差别地看，个别院士在地方拿了很多好处，那是地方的问题、高校的问题。政府之间、企业之间、高校之间因为利益竞争，才会让院士成为争夺利益的“令牌”。
