首先，按照鲸鱼和鲨鱼的自然习性，是不会主动攻击像潜艇这样庞大的水下移动物体的。
并且，不可否认的是，鲸鱼和鲨鱼的感官要比潜艇的水声探测系统灵敏的多，蓝鲸会在400km以外听到潜艇发动机噪声，通常情况下这些海洋生物会主动规避这些噪声。当然，潜艇长达一公里的尾流会吸卷进一些海藻类生物和倒霉的好奇心重的海洋生物，但这种情况极少。潜艇指挥官会追逐鲸鱼这样的灵敏海洋生物以锻炼指挥技巧，当今世界海军强国的潜艇指挥官都以“跟鲸鱼捉迷藏”作为自己炫耀的资本。
题主的问题可能包含另一个层面，就是人类有目的的去训练海豚等海洋生物，作为攻击敌方作战舰艇的“水下生物部队”，但事实上是行不通的，潜艇和水面舰艇的探测声纳波能量很高，打出一个波，就能把鲸鱼这样庞大的生物震晕甚至震死，所以这种担心是无必要的。
