始末站两端的铁路运输企业通常需要对跨局列车的开行方案进行妥协。考虑到车底周转的问题，（当日折返的）本局列车通常在外局范围内的始发时刻会比较好，可以拿到更多的客票收入，所以相关铁路运输企业要对包括跨局车次的开行数量、票款分配方案在内的相关问题进行协商。
例如京广高铁全线贯通后初期运行图中关于京局和广铁开行北京西至长沙南的4对动车的开行方案，北京铁路局执行G83次→G506次、G501次→G504次，广铁集团执行G84次→G505次、G502次→G503次，四组车底均为当日折返。
例如杭长高铁全线贯通后初期运行图中上局和广铁开行上海虹桥至广州南的4对动车的开行方案中，上海铁路局执行G85次→G1306次、G1301次→G1304次，广铁集团执行G86次→G1305次、G1302次→G1303次。其中G85次→G1306次、G86次→G1305次的车底为当日折返，G1301次→G1304次、G1302次→G1303次的车底为隔日折返。
2013年12月底，杭深铁路厦深段通车，在关于开行闽粤两省的跨省跨局动车的问题上，有传言称广铁和南局发生了如下的博弈：
广铁集团表示希望开行广州南—深圳北—厦门北—福州南（预留延长至福州、武夷山北）的G字头跨线动车，南昌铁路局考虑自身利益不希望广铁开行这样的旅游列车在合福高铁南局管内区间上赚钱，未予批准广铁集团的相关跨局列车开行计划。
南昌铁路局表示希望开行福州南—厦门北—深圳北—广州南的D字头跨线动车，广铁集团自然不可能答应外局的D字头动车开进广深港高铁。
这里补充说明一下，广深港高铁正线确实有京深、沪穗（部分车次经过调图延伸至珠海、湛江）的D字头动卧列车运营，但是京广、京深、沪穗（含上海至珠海、上海至湛江）、沪深动卧都是铁总推广新型铁路运输产品的试点，作为下属的全资子公司各大路局不可能拒绝上级的命令。
另外广州至潮汕地区确实有从广州东站始发经过广深铁路I、II线（进入常平站后引入广深铁路III、IV线）、广深铁路平湖南站，通过联络线引入厦深铁路终到潮汕站的D字头动车组列车，且每天开行了近十对。至于为什么不开行经过广深铁路III、IV线、厦深铁路平湖联络线、厦深铁路的列车去福建就不知道具体原因了。
所以广州到福建东南沿海一线的直达车次暂时仍然无解。
2018年6月更新：
目前部分铁路论坛已经公布了2018年第二阶段运行图关于福州至广州高速动车、厦门至广州动车的开行方案。其中广州局公司开行广州东站至厦门站的动车（现已重联编组），途经广深铁路、杭深铁路厦深段。南昌局公司开行福州站至广州南站的重联高速动车，途经杭深铁路福厦段、杭深铁路厦深段、广深港高速铁路。
2020年9月更新：
另外从2020年10月开始广州东站与厦门站之间再增开一对动车组列车，经由与原广州东站至厦门站动车相同。
每天只开那么一对车次只是形式上解决问题，实质上解决穗榕之间的出行难问题，未来还是靠新建沿海高速铁路通道的广州至汕尾至汕头段、漳州至汕头段、福州至厦门至漳州段吧。
