谢邀，没区别
柯尔克孜和吉尔吉斯都是Qirghiz的音译，由于汉语里没有q音和gh音相似的音，只能用接近的来音译。苏联解体后习惯上，吉尔吉斯指境外的柯尔克孜族。
题外话
北部柯尔克孜族属于纯游牧文化为主，语言文化更接近哈萨克人，近代俄化比较深，也是现代吉国北部派（世俗派）。南部是半定居式游牧和定居式半农半牧文化和定居式畜牧文化为主，受维吾尔影响较大语言文化更接近维吾尔人（无障碍交流），近代俄化不怎么深，是现代吉国南部派。南北人口比例大概为3：7左右。
1916年之前，新疆的柯尔克孜族基本全属于南部柯尔克孜人，由于反俄起义失败和苏联初期的饥荒和清洗影响下，大量北部柯族逃入新疆（大部分又返回去了），所以现在新疆柯族里南北部都有。
