当时日本最大的武士集团首领平氏拥有桓武天皇的血统，可算作贵族，另一武士集团的首领源氏则有清和天皇的血统，也是贵族出身。可见武士集团的首领其实也是贵族血统占据着主导地位，只不过他们是新兴的武装实力者，他们的出现，改变了日本皇族和贵族掌控朝政的局面。
平源两大武士集团在平安时代末期发生大决战，他们分别代表了日本社会两大政治集团的利益。起初武士并没有被皇室和贵族重视，但是公元 935年发生两次内乱，都是由武士集团引起的。特别具有讽刺意味的是，武士的动乱被镇压之后，由于日本社会并未实现稳定，反过来还是大量雇用武士来提供保护和维持稳定。比如，“摄关政治”时的贵族藤原氏利用源氏武士集团保护自己的安全，“院政”时代的白河上皇则利用平氏武士集团保护自己的安全，这样，武士集团逐渐演变成了国家武装力量。
武士阶级在1156年的“保元之乱”和“平治之乱”中崛起并登上政治舞台。动乱发生的当时是“院政”时代，其特点是天皇与上皇同时存在，也就是说，天皇会早早退位成为上皇，以便在幕后操纵朝政，规避政治风险。但是，令人始料未及的是，天皇与上皇之间的权力争夺突出出来。过早地退位导致当时出现过同一时代生活着几位上皇的现象，造成天皇与上皇之间，甚至上皇与上皇之间发生权力争夺。
1156年发生的内乱，特点是上皇与其儿子天皇之间的权力争夺，当时，崇德上皇与藤原家族的藤原赖长结盟，而后白河天皇却与藤原赖长的兄弟藤原忠通结盟。这次对立既是天皇父子的对立，也是藤原兄弟的对立，而两个骨肉政治集团所依赖的武装力量都是武士集团，上皇和赖长方面依赖的是平氏集团的平忠正，天皇和忠通方面依赖的竟然是平忠正的侄子平清盛。这还不算完，上皇方面还吸收了源氏集团的源为义助战，而天皇方面则吸收了源为义的儿子源义朝加盟。这是古今内外，闻所未闻的骨肉大战。
战斗的结果是天皇方面取得胜利，后白河天皇从父亲崇德上皇手里夺回了权力，掌握了政治主导权，并把父亲崇德上皇流放到香川县。对此，崇德上皇有一首著名的诗:“奔流的小溪，被岩石分成两股，但是他们还汇合到一起。”天皇父子的争权夺力已经足够让今天的人们感到亲情伦理的丧失，但这还不是最残酷的，因为参与这场动乱的藤原兄弟、平氏叔侄和源氏父子，上演了一场骨肉相残的历史悲剧，足以让今天的我们瞠目结舌。
支持崇德上皇的贵族藤原赖长战死，而他自己的兄弟则站在与他敌对的天皇阵营。如果藤原兄弟还未亲手致对方死地的话，那么，武士集团平氏的叔叔平忠正因为站在上皇阵营，最后被站在天皇阵营的侄子平清盛处死，而同样站在上皇阵营的源氏集团的父亲源为义则被站在天皇阵营的自己的儿子源义朝处死。
这次动乱对于武士集团参与政治具有重要意义，实质上是武人干政的开始，实权掌握在武人手里，所以他们不顾伦理亲情，上演了令人痛心疾首的骨肉大战。天皇阵营虽然胜利了，但是这一阵营中的平清盛与源义朝两个武士集团，难以共享权力，开始了又一轮的争权夺利。最后，由于处死过自己父亲的源义朝于1159年发动政变，两个武士集团发生交战，结果，源义朝被站在天皇一边的曾经处死自己叔叔的平清盛打败，源义朝被自己的属下杀死。
这次动乱与其说是天皇家的又一次内斗，不如说是武士阶级由此在皇族和贵族支配的日本社会占据了一席之地，登上了历史舞台。平清盛武士集团势力开始扩大，1167年，平清盛成为太政大臣（相当于宰相），成了京都朝廷的主导人物。这意味着武士阶级取代了过去的藤原家族，开始成了新贵族，并控制日本政治，古代的天皇制实际上从这时开始没落。
