题主你好。纠正两点∶
第一，你提的这个苹果手机的类比，不是用来反驳演化论的。恰恰相反，演化论的提出，是用来反驳你的类比的。而且这一场交锋发生在两百多年前。
“钟表匠类比”在 1802年 由 William Paley提出，大意可概括如下：
如果你在路上看见一块石头，可以认为它是大自然创造出来的，因为石头的结构很简单，一点也不复杂。
但是如果你在路上看见一只精确走时的手表，就不能认为它是大自然的造物了。因为里面的齿轮机构是如此复杂，一定要有一位手艺高明的钟表匠才能将它设计并且制造出来。
同理，最简单的生命也比一只手表要复杂得多，所以生命也不可能是大自然的造物，一定有一位高明的造物主，无论是上帝还是外星人。
钟表匠类比的问题在于，它犯了一个严重的逻辑错误，叫做向上递归。
就像钟表匠一定比手表更复杂一样，如果地球生命有一个造物者，那么比地球生命更加复杂的造物者，又是从哪里而来的呢？
如果地球生命是由外星人所创造，那外星人又是从哪里来的呢？是不是还有创造外星人的外星人？这个质疑可以无限向上递归。
如果地球生命是由上帝所创造，而上帝是自始存在的。那么问题又来了，如此复杂的上帝都可以自始存在，那为什么比它简单得多的手表就不可以呢？
所以，钟表匠类比看似提供了一个生命起源的新答案，但是实际上，它什么都回答不了。恰恰相反，它只会不断地提出更难回答的新问题而已。
我们如果要回答一个复杂的问题，一定要回归到一个更为简单的结论。如果答案比问题更加难以解释，那它根本就不是一个合格的答案。
达尔文的自然选择论之所以在1838年被提出，就是为了反驳钟表匠类比。它的高明之处就在于，说明了生命可以诞生自最简单的有机物，有了有机物，后面的都好办了。这是一种成功地回归了简单答案的解释。更何况，米勒实验也成功地证明了，自然条件下无机物是可以生成有机物的。
诚然，演化论目前还只是一个假说，还有环节缺失证据，但是那也有待于更多证据被发现，而不是简单地推翻了事。更何况，演化论是目前所有关于生命起源的假说中，证据最充分的一种了。
第二，题主提出了演化论的一对矛盾，认为按照演化论的逻辑，生命一定会越来越完美，越来越先进。但是基因的复制过程中一定会出错，而这些错误是随机的，不可能保证生命往更完美的方向前进。
实际上，这是对演化论最常见的误解，很可能是翻译的锅。我们常常把演化论称作“进化论”，“进化”这两个字，似乎暗示了生命有一个不断完美的趋势。但是实际上，演化论从来不认为生命的演变有一个确定的方向，它只是试图说明自然选择的压力会让生物不断“变化”，但是这种“变化”不一定是“进化”。如果把进化论翻译成“演化论”，也许更能够符合这个理论的本意。从这个角度来说，当初严复所翻译的“天演论”，也许比“进化论”更为严谨。
演化论从来不认为生命的演变有一个确定的方向，也不认为生命一定会越来越完美，它坦诚地承认生命复制过程中会有完全随机的误差。只不过有些误差比较幸运，更能够适应环境的变化，所以这些幸运儿能够扩大繁殖，从而出现新的物种。这个过程，就是自然选择机制。
但是这种演化，从来就不是朝着更“完美”的方向前进的。只要能够适应新环境，哪怕是退化，变得更不完美也可以啊。就像已经灭绝的渡渡鸟退化了飞行能力，或者高大的猛犸象为了适应岛屿环境而退化成比牛大不了多少的侏儒象一样。
当然，绝大多数复制错误确实不利于物种的生存。人类目前很多先天性遗传病，就是基因复制出错的结果。这些绝大多数的错误，只会让拥有它的个体更快地被淘汰，所以这个复制错误不会长久地流传下来。但是无数种完全随机性的错误中，只要有一种能够提高物种的生存概率，它就会扩散开来，成为这个物种新的性征。最好的例子，就是昆虫的耐药性。目前几种主要的农业害虫，都已经具备了对传统杀虫剂的免疫能力。就是因为昆虫繁殖过程中出现的无数种错误里，有一种错误让那么几只虫子具备了免疫能力，从而它们才能依靠这个错误繁衍开来，让这个错误“转正”，成为这个种群新的特征。
而题主所说的“有利基因”实际上大多都有害，比如极速蜗牛会导致蜗牛被撞死。实际上，提高速度并不能增加蜗牛的生存概率，所以极速对于蜗牛来说，根本就不是什么“有利基因”。但是让蜗牛能够长出更结实的外壳以抵御外敌，这才叫有利基因。一种基因不是因为有利才能帮助生存，而是因为它能够帮助生存，才能够被称为“有利”。判断标准和判断结果的关系，题主不要搞反了。
题主所提的这些针对进化论的质疑，实际上早在两百年前就已经被解释过了。爱思考是一件好事，值得鼓励。爱读书也是。
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叹为观止。
