恕我直言，其他答案都没答到点子上
这个问题的关键点在于抗原-抗体杂交
抗原-抗体杂交是高中生物中常见的一种蛋白质检测手段。注意，它在这里只是一种蛋白质检测手段，不具有任何免疫相关的内容需要解释。
对基因、转录产物和翻译产物的检测都是使用的广义的分子杂交，也就是分子之间的特异性结合。基因使用DNA分子杂交技术，转录产物RNA使用分子杂交技术，两个都是利用碱基互补配对原理。
蛋白质的检测同样利用特异性识别，而针对蛋白质，具体采用的是抗原和抗体之间的特异性识别原理。
基因工程是为了生产我们所需的蛋白质，而该蛋白质一定是在自然界有“模板”的。也就是说基因工程生产的蛋白质是自然界已经存在的蛋白质。假设自然界有蛋白质A，那么蛋白质A在经过免疫细胞识别后能够产生对应的抗体anti-A，A和anti-A能够特异性识别也就是能够进行杂交。
现在我利用基因工程，通过把A基因转入别的细胞生产出了一种蛋白质，暂且叫它蛋白质B。为了检测蛋白质B和蛋白质A是不是一样的，那么我就可以在蛋白质B中加入anti-A，如果anti-A和蛋白质B结合，结合抗体识别的特异性，我们就可以基本判断A和B是同一种蛋白质。
由于anti-A是抗体，那么A和B就都是该抗体的抗原了。这才是它叫抗原-抗体杂交的原因。
而至于蛋白质A以及基因工程所生产出来的蛋白质B到底是什么东西，是疫苗还是抗虫蛋白，在上述检测实验中我们完全不需要管他。这也就是我上面说的，和免疫无关。它叫抗原是因为在杂交中检测物质被先命名为抗体，为了在实验中配套才叫的抗原。
